農業科學試驗區位于基地的西側，占地156.68公頃。主要功能包括農作物育種、作物栽培、植物保護、土壤肥料等學科的試驗研究，相關農業科研輔助設施有曬場、掛藏室、樣品庫和農機庫等。農業科學試驗區采用規整式的傳統農業布局形式，劃分為3—12公頃大小不等的試驗用地；作為主要的育種作物有小麥、玉米、棉花、芝麻、油菜、大豆、花生等。試驗田道路景觀綠化采用果樹作為行道樹，形成春花爛漫、夏秋果實累累的農業自然景觀。